Berawal dari janji lembaga PPPK Petra kepada orang tua siswa untuk memberikan jenjang pendidikan yang berkesinambungan, tanggal 1 Juli 1990, SMA Kristen Petra 5 didirikan di kompleks Jalan Jemur Andayani XVII/2, Surabaya, dengan SK Dewan pengurus PPPK Petra No. 240/A/P/L/1990, Tanggal 1 Juli 1990, tentang pendirian SMA Kristen Petra 5 dengan status “Tercatat”.

Kepala sekolah pertama adalah Drs. Dirgo Wiloso Darmo, dengan SK Pejabat Kepala SMA Kristen Petra 5 No. 1069/Peg/A.4/D/VII/1990.y. Mengingat belum tersedianya gedung sekolah, untuk sementara mereka menempati sebagian gedung SMP Kristen Petra 5, di lantai III, sebanyak 4 lokal (3 lokal untuk kelas I dan 1 lokal untuk ruang kerja yang terdiri atas ruang kepala sekolah, ruang TU, ruang BK, dan ruang guru). Pada tahun ajaran 1990/1991, SMA Kristen Petra 5 memiliki murid sebanyak 137 siswa, yang berasal dari siswa SMP Kristen Petra dan luar SMP Kristen Petra, dengan 11 orang guru dan 3 orang karyawan.

Dua tahun kemudian, tepatnya tanggal 11 Juli 1992, diterbitkan SK No. 99h/Peg/A.5/D/VII/1992, tentang pengangkatan kepala sekolah atas nama Drs. Dirgo Wiloso Darmo. Lima tahun kemudian, tepatnya tanggal 5 Agustus 1995, SMA Kristen Petra 5 menempati gedung baru. Pada tanggal 9 Oktober 1995, dilaksanakan open house dan peresmian gedung SMA Kristen Petra 5 oleh Ketua I PPPK Petra, Ir. Suwandi. Acara itu diawali dengan ibadah syukur, dilayani oleh Pdt. Pipih Agusdali, S.Th. dengan dasar firman Tuhan Mazmur 127:1-2, “Jikalau bukan Tuhan yang membangun rumah, sia-sialah usaha orang yang membangunnya. Jikalau bukan Tuhan yang mengawal kota, sia-sialah pengawal berjaga-jaga. Sia-sialah kamu bangun pagi dan duduk-duduk sampai jauh malam, dan makan roti yang diperoleh dengan susah payah, sebab Ia memberikanya kepada orang yang dicintai-Nya pada waktu tidur.”

Pada bulan September 1996, SMA Kristen Petra 5 diakreditasi pertama kali dengan hasil “Disamakan”,  sesuai SK Direktur Pendidikan Dasar dan Menengah Departemen Pendidikan dan Kebudayaan No. 16/C.C7/Kep/MN/1997, Tanggal 16 Maret 1997. Dalam waktu tujuh tahun, sekolah ini memiliki murid sebanyak 594, 15 ruang kelas, 44 orang guru, dan 15 orang karyawan.

Pada bulan September 2004, dilaksanakan akreditasi ke-2 dengan hasil “Terakreditasi A”, sesuai dengan SK Badan Akreditasi Provinsi Jawa Timur No. 04/5/BASDA-P/I/2005, Tanggal 25 Januari 2005.

Pada tanggal 11 November 2008, dilaksanakan akreditasi ke-3 dengan hasil “Terakteditasi  A”, dengan SK BAP/S/M Jawa Timur No. 058/BAP/SM/TU/XI/2008, Tanggal 28 November 2008. Animo masyarakat terhadap SMA Kristen Petra 5 semakin besar, terbukti dengan peningkatan jumlah murid yang menjadi 708 orang, terbagi dalam 19 kelas, memiliki 42 guru, dan 18 karyawan. Drs. Dirgo Wiloso Darmo, M.M. telah memimpin SMA Kristen Petra 5 selama sembilan belas tahun, sejak tahun 1990 sampai tahun 2009, dan telah meluluskan 3.481 siswa.

Pada tanggal 1 Juli 2009, dilaksanakan pergantian Kepala Sekolah, dari pejabat lama atas nama Drs. Dirgo Wiloso Darmo, M.M., ke pejabat yang baru, Dra. Tri Utami Rinto Rukmi, M.M., dengan Berita Acara No. 326/SMA5/K/VII/2009 tentang serah terima jabatan. Kemudian pada tanggal 2 Juli 2018 juga dilaksanakan pergantian Kepala Sekolah, dari pejabat lama atas nama Dra. Tri Utami Rinto Rukmi, M.M., ke pejabat yang baru, Endah Mustikaningsih Rahaju Putri, S.Pd., M.Si., dengan Berita Acara No. 314/A/K/VII/2018 tentang serah terima jabatan.

Pada Tahun Ajaran 2020/2021 ini, SMA Kristen Petra 5 Surabaya memiliki 697 siswa {kelas X sebanyak 6 kelas (IPA sebanyak 3 kelas, IPS sebanyak 3 kelas), kelas XI sebanyak 7 kelas (IPA sebanyak 4 kelas, IPS sebanyak 3 kelas), kelas XII sebanyak 7 kelas (IPA sebanyak 4 kelas, IPS sebanyak 3 kelas}, beserta 49 guru dan 20 karyawan.

Sejak tahun 1993-2016 mampu meluluskan sebanyak 5.241 siswa.

Jumlah lulusan SMA Kristen Petra 5 Surabaya pada tahun 2015-2016 sebanyak 224 siswa.

Demikianlah sejarah SMA Kristen Petra 5, yang didirikan dengan penuh perjuangan hingga berkembang sampai dengan saat ini. Kiranya Tuhan senantiasa memberkati sekolah ini, sebagai lembaga pendidikan yang dapat melahirkan putra-putri bangsa Indonesia yang berkarakter kristiani.

Drs. Dirgo Wiloso Darmo
(1990—2009)

Dra. Tri Utami Rinto Rukmi, M.M.
(2009—2018)

Endah Mustikaningsih Rahaju Putri, S.Pd., M.Si.
(2018—Sekarang)