Serambi depan terletak tepat setelah gerbang, menghadap ke arah barat. Di sebelah kiri serambi, terdapat Ruang TU, Ruang Kepala Sekolah, Ruang Data, dan Ruang Wakasek. Di sebelah kanan serambi, dimanfaatkan sebagai tempat parkir sepeda motor siswa dan guru. Tepat di tengah serambi terdapat kolam ikan yang menambah keindahan lingkungan sekolah, dan di dinding atas kolam tertulis ayat Alkitab yang memotivasi setiap orang yang membacanya.

Gedung SMA Kristen Petra 5 sebagai tempat proses belajar dan mengajar berdiri kokoh setinggi empat lantai. Tata ruang gedung yang sedemikian rupa, memungkinkan suasana di dalam ruangan tidak pengap, karena tiap ruangan mempunyai ventilasi yang cukup baik. Tepat di belakang pagar pembatas sekolah dengan jalan, ditanami dengan pohon-pohon palem. Walaupun tidak terlalu rimbun, tetapi cukup untuk menambah keasrian dan penghijauan di sekolah.

Taman menjadi penghubung antara ruang guru dengan ruang kepala sekolah. Dan biasa dimanfaatkan oleh siswa untuk mengadakan penelitian di ruang terbuka, terutama untuk mata pelajaran Biologi, Bahasa Indonesia atau pelajaran lainnya. Taman terdapat tempat duduk yang bisa digunakan untuk melepas lelah setelah pembelajaran ataupun digunakan berinteraksi pada saat istirahat serta berolahraga ringan. Di dekatnya, terdapat kolam ikan hias.

Ruang laboratorium biologi terletak di lantai dua, bersebelahan dengan laboratorium kimia dan laboratorium fisika. Ruangan ini dilengkapi dengan bahan uji yang disimpan di dalam lemari, yang berada di samping ruangan. Sedangkan peralatan laboratorium diletakkan di lemari yang ditempatkan di belakang. Selain itu, terdapat lemari gantung yang juga digunakan untuk tempat penyimpanan peralatan laboratorium. Di pojok belakang ruangan, terdapat akuarium berukuran sedang. Lima belas mikroskop cahaya dan sebuah mikroskop digital, ikut melengkapi fasilitas di laboratorium biologi ini. Sebuah komputer, LCD projector, dan 4 buah kompor LPG tersedia di meja preparation, sedangkan 2 tabung LPG diletakkan di sampingnya. Sama dengan ruang lainnya, laboratorium biologi juga dilengkapi dengan AC, 2 buah exhaust fan, dan 2 buah kipas angin gantung. Di sebelah ruang praktikum, terdapat ruang preparation. Ruang ini digunakan untuk menyimpan mikroskop dan buku–buku penunjang.

Laboratorium kimia terletak di lantai dua, dengan luas yang kira–kira hampir sama dengan laboratorium fisika. Laboratorium kimia dilengkapi dengan lemari yang diletakkan di samping ruang laboratorium, digunakan untuk menyimpan bahan uji kimia. Sedangkan alat–alat uji kimia diletakan pada lemari gantung yang terdapat di belakang. Di bagian depan, ada whiteboard dan LCD projector yang ditempatkan tergantung secara permanen, serta seperangkat komputer.

Salah satu penunjang keberhasilan dalam pendidikan adalah keberadaan laboratorium. Laboratorium fisika terdapat di lantai II, dilengkapi dengan 15 meja dan 45 kursi yang ditata rapi. Lemari gantung yang diletakkan di belakang, dimanfaatkan untuk menyimpan media pembelajaran fisika. Di samping kanan meja siswa, terdapat lemari yang juga dimanfaatkan untuk menyimpan barang–barang laboratorium. Ruangan ini juga dilengkapi dengan LCD projector yang dipasang permanen, tergantung di dalam ruangan, sehingga menunjang proses belajar mengajar saat praktik.

SMA Kristen Petra 5 memiliki sebuah mikroskop digital yang diperlengkapi dengan kamera khusus dan terhubung dengan komputer, sehingga dapat menampilkan hasil dari pengamatan siswa pada layar monitor maupun LCD projector secara langsung. Data hasil pengamatan dapat disimpan dalam memory card. Dengan mikroskop ini, siswa dapat lebih mengetahui lebih jelas objek yang diamatinya.

Aula SMA Kristen Petra 5 terletak di lantai III dan dindingnya dilapisi peredam untuk mengurangi suara dentuman musik keluar ruangan. Dengan panjang 30 meter dan lebar 15 meter, aula ini biasa dimanfaatkan sebagai sarana olah raga, upacara bendera, kegiatan kerohanian, parenting, dan keperluan lain yang membutuhkan tempat yang luas. Untuk kegiatan olah raga, terdapat dua ring basket, matras, dan gawang futsal. Aula juga dilengkapi dengan panggung permanen untuk kegiatan-kegiatan tersebut.

Kantin sekolah terletak bersebalahan dengan ruang guru. Kantin ini mempunyai dua ruang untuk berjualan, kantin dilengkapi dengan meja berlapis melamin putih, dan bangku-bangku berwarna coklat yang dapat dimanfaatkan siswa untuk makan dan minum dengan nyaman. Menun kantin bervariasi, sesuai dengan menu sehat dengan harga terjangkau, dan semua menu dapat dibaca secara jelas oleh siswa di banner yang diletakkan di dinding masing-masing kantin. Petugas kantin dengan menggunakan seragam celemek, topi, sepatu, dan masker senantiasa siap melayani siswa dan guru.

Berbagai piala kejuaraan yang berhasil diraih siswa-siswi SMA Kristen Petra 5, ditempatkan di lemari kaca yang diletakkan di serambi depan dan di depan ruang guru. Sedangkan piala–piala lainnya, ditata apik di dalam ruang kepala sekolah, ruang perpustakaan, dan ruang wakasek.

• Ruangannya ber-AC, sehingga nyaman bagi siswa yang sedang konseling. Posisi ruang BK yang berada jauh dari kelas dan ruang guru, sehingga privacy siswa tetap terjaga.
• Ruang Biblioterapy
  Bagian ruang BK yang memuat buku-buku sebagai sarana terapi dan sebagai sumber pemecahan masalah yang dihadapi oleh siswa.
• Ruang Konseling Individual
  Ruang untuk konseling secara individu, sehingga kerahasiaan masalah tetap terjaga.
• Ruang Konseling Kelompok
  Ruang untuk konseling secara berkelompok, ruangan ini dibuat senyaman mungkin dengan ditiadakannya kursi dan meja, sehingga siswa bisa duduk di karpet yang lembut.

Ruang internet terletak di lantai dua. Dengan fasilitas dua puluh komputer yang terkoneksi dengan jaringan internet, membuat siswa merasa nyaman menggunakannya tanpa keluhan yang berarti saat mencari data untuk keperluan pembelajaran. Para siswa dapat memanfaatkan ruang internet pada saat istirahat, ataupun pada saat pulang sekolah. Ruang internet ditutup pada pukul 14.00.

Ruang media terletak di lantai dua, bersebelahan dengan ruang BK. Ruang ini biasa dimanfaatkan untuk rapat dan pembelajaran siswa. Ruang ini dilengkapi dengan LCD projector, tape compo, DVD player, komputer, dan alat lain yang mendukung.

Ruang UKS terletak di lantai dua, bersebelahan dengan ruang media. Ruangan ini dilengkapi dengan tempat tidur, meja, fasilitas pemeriksaan kesehatan gigi, mata, alat sterilisasi elitech untuk mensterilkan peralatan pemeriksaan gigi, tabung oksigen, obat-obatan, dan kelengkapan-kelengkapan ruang UKS lainnya.

Ruang bahasa digunakan untuk meningkat kemampuan bahasa, baik Bahasa Indonesia maupun bahasa asing.

Ruang perpustakaan terletak di lantai satu. Ruang perpustakaan memiliki ruang yang luas, dilengkapi dengan AC, dan penataan sudut baca yang nyaman bagi siswa. Penyusunan katalog subjek dan judul, dilakukan dengan dukungan program athenium, sehingga memudahkan pengguna perpustakaan untuk menemukan buku yang diinginkan. Penyediaan bukunya lebih dari cukup jika dibandingkan dengan jumlah siswa yang ada. Saat ini, ada lebih kurang 6.000 buku yang terus di-update setiap tahunnya. Perpustakaan SMA Kristen Petra 5 pernah dinobatkan sebagai perpustakaan terbaik se-Jawa Timur pada tahun 2005.

SMA Kisten Petra 5 memiliki sembilan belas ruang kelas. Tiap ruang dilengkapi dengan whiteboard, LCD projector yang ditempatkan tergantung secara permanen, AC, ventilasi dan jendela yang memadai, 40 bangku siswa, serta seperangkat iMac dilengkapi dengan meja iMac. Semuanya itu dimaksudkan untuk kenyamanan pembelajaran, dan untuk mencapai tujuan, yaitu pembelajaran yang menyenangkan.

Ruang musik terletak di lantai tiga, berhadapan dengan aula. Ruangan ini didesain menjadi ruang akustik, sehingga tidak mengganggu kegiatan yang lain. Ruangan ini dilengkapi dengan seperangkat peralatan band dan sound system yang memenuhi standar untuk sebuah ruang akustik.

Ruang Komputer terletak di lantai dua, bersebelahan dengan Ruang Internet. Ruangan ini dilengkapi dengan 41 komputer iMac yang secara rutin digunakan oleh siswa dalam kegiatan pembelajaran Teknologi Informatika Komputer (TIK).